Webinar on “Algoritma Mühendisliği” (Algorithm Engineering)

I have delivered a webinar with the title “Algoritma Mühendisliği – Kuramsal Hesaplamadan Yazılım Mühendisliğine Seyahat” (Algorithm Engineering – A journey from theory of computation to software engineering) in the  PITSTOP talk series organized jointly by İTÜNOVA and TOSB. Thanks for the opportunity to speak on that. You can watch the webinar from the youtube link  https://www.youtube.com/watch?v=ay_gANhVHSc. Slides are here

Intramural Research Funding

My proposal (Ters Metin İndeksinin Düz Metin İndeksi Kullanılarak Oluşturulması ve Uygulamaları )received the intramural support from Istanbul Technical University and granted with the project number BAP-MGA-2019-42224 with a budget of approximately 50K TL starting at 15 October 2019 and ending date is 15 August 2020.

 

Proje Özeti:

Bir metnin üzerinde hızlı arama gerçekleştirebilmek için, o metnin indeksinin oluşturulması gereklidir. Bu amaçla genel olarak kullanılan tam-metin (full-text) tarama indeksleri sonek ağaçlari (suffix tree), sonek katarları (suffix array) ve Burrows—Wheeler dönüşümü (BWT) şeklinde belirmektedir.

Bazı durumlarda ilgili metnin tersi üzerinde de hızlı arama gereksinimi ortaya çıkabilmektedir. Örneğin hataya karşı toleranslı bazı eşleştirme algoritmaları metin üzerinde hem sağdan sola hem de soldan sağa tarama gerçekleştirmektedir. Bir diğer uygulama biyoenformatik alanında olup, DNA’nın ters ipliğinden (reverse strand) gelen okumaların da olabileceği gerçeği ile referans genom üzerine hizalama işleminde yine hedef dizinin tersten taranmasına da ihtiyaç duyulmaktadır. Bu gibi durumlar için ters metnin indekslenmesi, hem indeks için kullanılan hafızayı iki katına çıkarmakta, hem de ters indeksin hesaplanma yükünü eklemektedir.

Bu projede amaçlanan, ayrı bir ters metin indeksi kullanmadan ters taramanın düz metin üzerindeki indeksten yapılabilmesinin araştırılmasıdır. Bu amaçla düz metin indeksinin ters metin hakkında ortaya koyduğu bilgi detaylı olarak incelenecektir.  Ana hedef sadece tek yönlü indeks kullanılarak çift yönlü aramanın sağlanmasıdır. Bu hedefe ulaşılmasının temel kazanımı mevcut sistemlerde ilgili uygulamaların kullandığı hafıza yükünü yarıya indirmektir.

Paper at RECOMB’19: 23rd Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology

Our paper  “Can Kockan, Kaiyuan Zhu, Natnatee Dokmai, Nikolai Karpov, Oguzhan Kulekci, David Woodruff and Cenk Sahinalp. Sketching Algorithms for Genomic Data Analysis and Querying in a Secure Enclave” has been accepted to RECOMB 2019 – 23rd Annual International Conference on Research in  Computational Molecular Biology.  You can reach the accepted papers here. 

Organizing the “International Workshop on String Algorithms in Bioinformatics (StringBio’18)”

String algorithms and related data structures are gaining an ever-increasing interest as they form the backbone of many current data processing tools in genomics. Motivated by this fact, we are organizing the StringBio’18, International Workshop on String String Algorithms in Bioinformatics in Orlando from 25th to 27th of October. Focused solely on string algorithms in bioinformatics, StringBio primarily aims to bring together researchers, practitioners, and students, with a different format that is composed of short tutorials and research talks. The keynote lectures will be given by Prof. Srinivas Aluru and Prof. Martin Farach-Colton.
We will be happy to see you at StringBio’18. Please check the website for further details. By the way, there is NO registration fee.