Asit yağışlarının dolaylı etkileri toprakta da görülür. Asit yağışları, toprağın kimyasal yapısı ve biyolojik koşulları üzerinde etkide bulunarak, bu topraklar üzerinde yetişen bitkilere zararlı olmaktadır. Toprağa erişen sülfürik asit, toprağın asitliliğini yani aktif hidrojen iyonlarının yoğunluğunu arttırmaktadır. Miktarı artan H+ iyonları, toprağın kolloidal kompleksleri olan kil minarelleri ve humus kolloidleri tarafından tutulmakta olan başta Ca++ olmak üzere K+, Mg++ ve Na+ gibi bitki besin elementlerinin yerine geçerek, onların topraktan taban suyuna karışmak üzere yıkanmalarına neden olmaktadır. Makro besin elementlerinin bu yolla topraktan yıkanmaları toprağın verim gücünün azalmasına neden olduğu gibi toprakta oluşan yüksek asitliliğin bir kısmı mikro besin elementlerinin de olumsuz yönde etkilenmesine neden olmaktadır. Topraktaki asit birikimi, besin elementlerinin bitkiler tarafından kullanılmamasına neden olur. Aynı zamanda asit yağışları, topraktaki demir, alüminyum ve mangan gibi toksit maddelerin açığa çıkmasını sağlar. Bu toksit maddeler ağaçlara ve bitkilere çok zararlıdır (Carlson and Haines, 1989; Kantarcı, 1986; Kantarcı, 1992; Karaöz, 1997; Kantarcı ve Karaöz, 1988).