1927 yılında Çanakkale'de doğdu. 1949 yılında İTÜ Elektrik Fakültesi Kuvvetli Akım Kolundan mezun oldu ve aynı yıl Fakülte'ye Asistan olarak girdi. 1952 yılında Yeterlik tezini, 1957 yılında Doçentlik tezini, 1958 yılında Stuttgart Teknik Üniversitesi'nde Doktora tezini ve 1964 yılında da Almanya'da hazırladığı Profesörlük Takdim Tezini verdi.

1953-1955 yılları arasında yedeksubay olarak askerlik görevini yapan Muzaffer Özkaya, 1949-1957 yılları arasında Asistan, 1957/1965 yılları arasında Doçent olarak çalıştıktan sonra, 1965 yılından yaş haddinden emekli olduğu 8 Mayıs 1994 tarihine kadar profesör olarak İTÜ'deki öğretim ve araştırma faaliyetleri dışında Karadeniz Teknik Üniversitesi, Yıldız Teknik Üniversitesi ve Uludağ Üniversitesi'nde dersler verdi.

1974-1979 yılları arasında İTÜ Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, 1980-1982 yılları arasında İTÜ Maçka Elektrik Fakültesi ve 1982-1985 yılları arasında da İTÜ Elektrik-Elektronik Fakültesi Dekanı olarak 11 yıl süre ile Dekanlık yapmıştır.

Aydınlatma Tekniği, Yüksek Gerilim Tekniğinde Ölçme, Yüksek Gerilim Tekniğinde Deşarj Olayları, Yüksek Gerilim Tekniği I ve II, Yol Aydınlatması adlı kitapları, Türkçe ve yabancı dilde yayınlanmış 25 bildiri, 50'yi aşkın makale, konferans ve seminer notları vardır.

Yurtdışında Doktora yapan ve 5 yılı aşkın bir süre Almanya, İsveç, Kanada ve İsviçre'de araştırıcı ve misafir profesör olarak bulunan Prof. Dr. Muzaffer Özkaya 8 Mayıs 1994 tarihinde yaş haddinden emekli olmuştur.

Evli ve iki çocuk babasıdır.